Sau khi quân Nguyên đưa Cung Đế vượt sông, các đại thần Lý Đình Chi và Miêu Tái Thành tìm cách giải cứu cho ông nhưng thất bại. Tháng 3 ÂL năm đó, Cung Đế được đưa đến Đại Đô và đến tháng 5 ÂL thì đến Thượng Đô. Ngày Bính Thân, Cung Đế được đưa vào yết kiến Nguyên Thế Tổ Hốt Tất Liệt ở điện Đại An. Thế Tổ thương tình bé nhỏ vô tư nên rất hậu đãi, phong ông là Doanh quốc công, Khai phủ nghi đồng tam ti và gả công chúa, cho ông sống ở Đại Đô[10]. Năm Chí Nguyên 19 (1289), Nguyên Thế Tổ theo lời tấu của Trung thủ tỉnh, dời Doanh quốc công đến Thượng Đô. Nguyên Thế Tổ muốn bảo toàn tông tộc triều Tống, vào tháng 10 ÂL năm 1288 đã hạ lệnh Doanh quốc công đến sống ở đất Thổ Phiên[11], có thuyết cho rằng ông tự muốn đến Thổ Phiên để nghiên cứu Phật giáo. Tháng 12 ÂL, ông được đến Thoát Tư Ma[12] và sống trong chùa Tích Tát Tư Ca, hiệu là Mộc Ba giảng sư, sau trở thành trụ trì ở chùa này, pháp hiệu là Hợp Tôn. Trong thời gian làm nhà sư, Doanh quốc công đã có nhiều đóng góp to lớn với Phật giáo Trung Quốc[13], đặc biệt trong nửa cuộc đời còn lại của mình, ông chuyên tâm vào con đường dịch sách kinh của Phật giáo Tây Tạng thành tiếng Hoa để truyền bá cho dân tộc Trung Hoa về những giáo lý mới trong Phật giáo Lạt Ma Tây Tạng[3].

Vào giữa những năm Diên Hựu (1314 - 1320) đời Nguyên Nhân Tông, quốc vương Cao Ly là Vương Chương lệnh Quyền Hán Công đi sứ nước Nguyên. Biết Doanh quốc công hiện vẫn còn sống, Vương Chương sáng tác bài Doanh quốc công đệ bồn mai để vịnh về cuộc đời của ông.

Nhưng, ông không bao giờ quên mình là Hoàng đế của Nam Tống, bản thân ông căm thù Mông Cổ, nhưng bất lực, nên ông tiêu khiển bằng cách làm thơ[2]. Các bài thơ của ông thể hiện sự ước ao yên bình cho triều đại Nam Tống của mình, thể hiện ý chí căm thù Mông Nguyên, quyết không phục họ; cũng vì vậy, mà bài thơ này đã chọc tức đến Hoàng đế Mông Nguyên[2]. Theo Phật Tổ lịch đại thông tái thì vào năm Chí Trị thứ ba thời Nguyên Anh Tông (1323), tháng 4 ÂL, Doanh quốc công bị giết chết ở Hà Tây[14]. Các sử gia thời nhà Minh cho rằng cái chết này là do văn thơ của ông kích động lòng tự tôn dân tộc ở người Hán, đánh động đến sự thống trị của chính quyền nhà Nguyên, do vậy ông bị khép tội xúi giục dân chúng mưu phản và bị chém đầu. Sách Sơn Am tạp lục dẫn thơ

Sau đó Doanh quốc công đem những lời thơ này trao đổi với Uông Nguyên Lượng và cuối cùng bài thơ lọt vào tay vua Nguyên. Cũng trong tháng 4 năm 1323, Nguyên Anh Tông lại hạ lệnh điều tra các sư tăng trong nước để tìm ra những người có lời lẽ kích động như vậy mà trị tội.